Территория ботанического заказника «Майкопский» представляет собой крупный лесной массив, перемежающийся сельскохозяйственными полями, в основном, залежами. Её пересекают в различных направлениях грунтовые дороги, проложенные вдоль границ леса и полей.
Древесная растительность сложена вторичными лесами из граба, дуба с примесью осины, клёнов, в подлеске – лещина, кизил, свидина, жимолость и другие виды. Такого типа леса являются местообитанием для весенних реликтовых эфемероидов. На территории заказника отмечено 22 вида редких и исчезающих вида растений: синяк красный, валериана лекарственная, хохлатка кавказская, зимовник кавказский, золототысячник зонтичный, ландыш майский, черемша, мышиный гиацинт кистевидный, лимодорум недоразвитый, птицемлечник дугообразный, пыльнеголовник длиннолистый, белладонна, подснежник кавказский, безвременник яркий, шафран прекрасный, пион кавказский, ветреница нежная, пролеска сибирская, скополия карннолийская, цикламен кавказский, ветреница лютичная. Эти виды, собственно, и являются основными объектами охраны на рассматриваемой ООПТ.