Заказник находится на границе лесостепной и лесной зон, является местообитанием ряда видов диких животных и перелётных птиц.
Территория ботанического заказника «Кужорский» представляет собой лесной массив, перемежающийся сельскохозяйственными полями, в основном, залежами. Её пересекают в различных направлениях грунтовые дороги, проложенные вдоль границ леса и полей. Сильной антропогенной нагрузке растения ООПТ подвержены только возле проходящих через заказник дорог и строений. На дорогах растительность полностью отсутствует, на обочинах сильно угнетена. Возле строений и дорог встречается несвойственная лесной зоне растительность.
В лесу, недалеко от кромки леса, расположены кормушки с сеном для подкормки копытных животных в зимний период. Растительность вокруг них угнетена из-за частого посещения животными.
На территории заказника отмечены факты рубки леса и сбора раннецветущих растений. Поляны на территории заказника ранее использовались как сельскохозяйственные земли. Но сейчас они находятся на средней стадии сукцессионного процесса.
Рельеф территории заказника – пологий, слабо расчленённый балками. Перепад высот составляет 230–250 м над уровнем моря.
Почвенный покров образован преимущественно выщелоченными уплотненными черноземами и бурыми лесными почвами.
Гидрологическая сеть образована мелкими ручьями и балками бассейна р. Фарс.
Древесная растительность сложена вторичными лесами из граба, дуба с примесью осины, клёнов, в подлеске – лещина, кизил, свидина, жимолость и другие виды. Такого типа леса являются местообитанием для весенних реликтовых эфемероидов: цикламена кавказского, пролески сибирской, морозника кавказского, ландыша майского, любки двулистной и др. Эти виды, собственно, и являются основными объектами охраны рассматриваемой ООПТ.